Fondée en 1968, l’AFRAA a pour mission de servir les compagnies aériennes africaines, promouvoir et préserver leurs intérêts communs. Elle a été à l’origine de grandes initiatives dans le domaine du transport aérien en Afrique pour la sensibilisation des compagnies aériennes à prendre des mesures concrètes pour la coopération dans les domaines opérationnels, commerciaux, techniques et de la formation.
L’AFRAA a joué aussi un rôle pour la sensibilisation des gouvernements africains à travers la commission africaine de l’aviation civile et d’autres organisations sur les mesures à prendre pour le développement d’un système de transport aérien efficace. Elle a été le catalyseur pour toutes les décisions politiques majeures relatives au transport aérien sur le continent.